# fPIP Simulation Snapshot

_Generated: 2026-05-12 11:31:45_

## 研究文脈 (hypothesis.yaml)

```yaml
# fPIP simulation hypothesis snapshot.
#
# このファイルは「研究文脈」を持続化するためのもの。
# - PyYAML 等の parser には依存しない（テキストとしてそのまま貼る運用）
# - 起動時の [開始] メールと SNAPSHOT.md にそのまま埋め込まれる
# - 内容は user が手で更新する（Claude も編集できるが、内容判断は人間）
# - 未記入の <...> プレースホルダはそのまま残しても OK（ただし埋めるほうが当然有用）

title: <一行タイトル — 例: bamboo joint evolution の fPIP 全 sweep>
started: 2026-03-23
status: running

purpose: |
  <この sim で何を明らかにしたいか — 1〜3 文>

working_hypothesis: |
  <事前に立てている予想・どんな絵が出るはずか・なぜそう思うか>

expected_results: |
  <観察したい主要結果。例：
   - eta=2.0 で zeta が下がるほど fPIP の対角バンドが狭くなる
   - sigma_s が大きいほど分岐点が崩れる
   など>

open_questions:
  - <未解決の問い 1 — Phase D で Claude/Gemini に投げる候補>
  - <未解決の問い 2>

parameters_grid:
  eta:      [0.0, 1.0, 2.0]
  mu_r:     [0.0, 0.1, 0.25, 0.5]
  sigma_s:  [0.0, 0.1, 0.25, 0.5]
  zeta:     [0.5, 1.0, 2.0, 4.0]
  WT_MT:    "1..20 step 1 (20×20 = 400 cells/set)"
  reps:     3000
  base_seed: 12345

key_design_decisions:
  - "lambda_s = 1.7（旧 1.5 から絶滅回避のため変更、basecode-new で検証済）"
  - "ソート順: eta=2.0 → 1.0 → 0.0 で fast-first（高 mortality ほど計算が早い）"
  - "シード rep ペア化: 同じ rep 番号は同じ初期 RNG → PIP の variance 削減"
  - "checkpoint は rep 完了時 unlink（2026-05-08 修正、bamboo_invasion.c:1019+）"

notes: |
  <自由記述。設計上の注意、既知の問題、進行中のメモなど>
```


## TL;DR

- **完了セット数**: 71/192 (37.0%)
- **完了セル数**: 27,875/76,800 (36.3%)
- **実行中**: PID `34186` (etime 03:07), `eta=2, mu_r=0.1, sigma_s=0.25, zeta=0.5` の **WT14_MT7**
- **ETA**: 残り約 **2596.4 時間** (直近 11 セット平均 1287.5 分/セット)

目的：fPIP (finite Pairwise Invasibility Plot) を eta, mu_r, sigma_s, zeta の各値で 20×20 の WT/MT グリッドで描く。

## 進捗グリッド (eta × zeta, セット単位)

各セルは `完了/16` セット (mu_r 4 × sigma_s 4 = 16)。

| eta \ zeta | zeta=4 | zeta=2 | zeta=1 | zeta=0.5 | 合計 |
|---|---|---|---|---|---|
| **eta=2** | 16/16 ✅ | 16/16 ✅ | 16/16 ✅ | 11/16 🔄 | **59/64** |
| **eta=1** | 0/16 ⬜ | 0/16 ⬜ | 0/16 ⬜ | 0/16 ⬜ | **0/64** |
| **eta=0** | 0/16 ⬜ | 0/16 ⬜ | 0/16 ⬜ | 12/16 🔄 | **12/64** |

## 最近の run_all.log (末尾20行)

```
  Rep 2989 completed: fixation=1, end_year=1993
  Resuming rep 2998 from year 1718 (pop=109, type1=52, type2=57)
  Rep 2998 completed: fixation=1, end_year=2315

========================================
INVASION RESULTS
========================================
Total reps:     3000
Invasions:      3000
Fixations:      280
Fixation rate:  0.093333
Mean N at inv:  159.0
E[1/N]:         0.006419
1/E[N]:         0.006289
Checkpointed:   238
========================================
Results: ./output_tau_fPIP/eta=2.0_mu_r=0.1_sigma_s=0.25_zeta=0.5_WT14_MT6_invasion_results.csv
Summary: ./output_tau_fPIP/eta=2.0_mu_r=0.1_sigma_s=0.25_zeta=0.5_WT14_MT6_invasion_summary.csv
COMPLETED in 228.1 sec (3.8 min)
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```

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## 設計メモ

- **シード**: `base_seed=12345`。各 rep のシードは `12345 + rep` で 0..2999 → 12345..15344。3000 reps は全部違う軌跡。セット間で同じ rep 番号は同じ初期RNG（PIPの WT/MT 比較で variance 削減のためのペア化）。
- **完了判定**: SWEEP セット = `*fPIP-of-tau_matrix.csv` 存在 / セル = `*WT{i}_MT{j}_invasion_summary.csv` 存在。
- **実行順序**: `eta=2.0 → 1.0 → 0.0`、各 eta 内で `zeta` 降順 → `mu_r` 降順（mortality が高い設定ほど速いので fastest-first）。